公司注销的时候自然人股东涉及到2种税目的个税：

一种是股息分红所得的个税，另一种是财产转让所得的个税，都是20%，但是计算方法不一样。

1、对于自然人股东的公司在注销清算时，若是账面上存在未分配利润、盈余公积等，按照实收资本中自然人股东占比来计算股息分红所得的20%的个税。

2、剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失，这部分超过的所得应按照财产转让所得，缴纳20%个人所得税。

根据《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）五、企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可以向所有者分配的剩余资产。

被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。